网站企业备案和个人备案的区别主要体现在备案的目的、程序和法律效力上。根据《非经营性互联网信息服务备案管理办法》的规定，无论是企业还是个人，在中国国内开设网站都需要进行网站备案。备案的目的是为了加强行政监督检查，依法要求公民、法人和其他组织报送与行政管理有关的材料，并对这些材料进行收集、整理、存档备查。

对于企业而言，备案通常涉及到更复杂的程序和更高的法律效力。企业在进行备案时，需要通过行政机关的形式审查后确认并将登记事项予以公示，其功能在于市场准入、信息公示，体现维护交易安全和商事交易效率的价值。这种备案制度体现了对企业经营活动的正式认可和监管，旨在降低交易成本、增进交易安全以及便利国家对商事主体的管理。

相比之下，个人备案则相对简单，主要是通过网站接入商提交个人备案资料，备案的域名可在任何域名注册商处购买，因备案核查域名持有者信息，域名持有者需与备案主体保持一致。个人备案更多地是为了满足个人用户开设网站的基本要求，而不涉及复杂的商业活动或法律责任。

此外，行政备案作为一种常见的行政管理手段，其法律性质在实践中存在一定的模糊性。一方面，从行政机关的角度看，行政备案归属于行政事实行为;另一方面，从相对人的角度看，行政备案是一种程序性义务，不影响相对人从事相关活动的自由。这种双重性质使得行政备案在实际操作中可能存在一定的灵活性和不确定性。

网站企业备案和个人备案的主要区别在于备案的目的、程序和法律效力的不同。企业备案涉及更为复杂的程序和更高的法律效力，而个人备案则相对简单，主要是满足基本的网站开设要求。